在疫情期間我們總是能看見這樣的報道,“病毒核酸檢測出現(xiàn)“假陰性”?”“新冠病毒核酸檢測出現(xiàn)假陰性 到底是什么影響了準確率?”“為何新冠病毒核酸檢測不斷出現(xiàn)假陰性?”。然而在平時的PCR實驗室卻經(jīng)常出現(xiàn)“假陽性”的現(xiàn)象。PCR實驗室總是出現(xiàn)假陽性,明明沒有加模板最后卻擴出了產(chǎn)物。如果這種現(xiàn)象頻頻出現(xiàn),就要注意一下操作環(huán)境了。這里涉及一個氣溶膠的概念,氣溶膠是由固體或液體小質(zhì)點分散并懸浮在氣體介質(zhì)中形成的膠體分散體系,能在空氣中滯留至少幾個小時。PCR反應過程中不斷進行升溫降溫,液體蒸發(fā)又冷凝,PCR管中空氣的部分形成了氣溶膠,攜帶了大量DNA擴增產(chǎn)物(注意1ng擴增產(chǎn)物中可作為模板的DNA片段的數(shù)量超過1ng起始模板中可擴增DNA片段數(shù)量的幾百萬倍甚至更高。比如人的基因組DNA有30億個bp,要擴增的單拷貝基因片段是300bp,1ng起始模板中可以作為模板DNA片段只占總起始模板DNA總量的千萬分之一)。如果在實驗室打開含PCR擴增產(chǎn)物的管蓋,大量攜帶DNA擴增產(chǎn)物的氣溶膠就會涌出,擴散到空氣中,從而對環(huán)境造成污染。雖然在整個空間環(huán)境中DNA的含量很低,但是由于理論上只要有1個可做為模板的DNA片段也能PCR擴增成功,這就是為什么在污染環(huán)境中陰性對照也能擴增出條帶的原因。所以在專業(yè)的PCR實驗室(比如臨床PCR檢驗實驗室)室通常有四區(qū)隔離(或至少是三區(qū)隔離)的要求。
1、試劑配制區(qū):PCR反應體系的配制區(qū)域。 2、標本處理區(qū):包括擴增模板的制備,也就是我們常常提取DNA的地方;3、PCR擴增和產(chǎn)物分析區(qū):進行PCR擴增的區(qū)域,也是擴增產(chǎn)物進行凝膠電泳分析的區(qū)域。
如果將PCR擴增區(qū)域和產(chǎn)物分析區(qū)再次分開,就是四區(qū)隔離了。四區(qū)隔離,主要目的是防止氣溶膠在各個PCR區(qū)域之間的流動—最好的方法是干脆每個區(qū)域隔一幢樓,那肯定是最佳的隔離措施了,但操作起來肯定不現(xiàn)實,于是便有了針對不同區(qū)域設置正負壓的方法: 試劑配制區(qū)(Ⅰ區(qū)):最潔凈的區(qū)域,保持微正壓使得外界空氣無法進入隔離污染源。并且陰性模板應該在此區(qū)加入PCR管并蓋蓋,嚴禁在此區(qū)域打開、存放裝有DNA模板的離心管;DNA模板添加區(qū)(Ⅱ區(qū)):保持微負壓,保證內(nèi)部空氣不外泄,以免陽性模板的氣溶膠對外界環(huán)境造成污染;擴增及PCR產(chǎn)物分析區(qū)(Ⅲ區(qū)):保持微負壓,使得內(nèi)部空氣不外泄,以免擴增產(chǎn)物的氣溶膠對外界環(huán)境造成污染。操作時遵循Ⅰ區(qū)→Ⅱ區(qū)→Ⅲ區(qū)單一方向進行,不可逆向進行。
對于科研用途的PCR實驗室,如果無法達到嚴格的三區(qū)隔離的要求,至少也要做到兩區(qū)隔離:即正壓區(qū)和負壓區(qū)。正壓區(qū)實施Ⅰ區(qū)的功能,負壓區(qū)實施Ⅱ區(qū),Ⅲ區(qū)的功能。最忌諱也是最可怕的是反過來,在正壓區(qū)實施Ⅲ區(qū)的功能。我們有個用戶的所有實驗室都是正壓—因為進入實驗室的空氣都是經(jīng)過過濾的。他信心滿滿地認為他們的實驗室超干凈,做PCR絕對沒問題,但他們實驗室出現(xiàn)了最嚴重的PCR產(chǎn)物污染問題—所有的陰性對照都是陽性。所以PCR實驗室的潔凈度是次要的,不同區(qū)域間的空氣是互相之間否有流通才是最關鍵的。
如果有的小伙伴問,我們的實驗室沒有正負壓的區(qū)分,或者是全負壓,全正壓怎么辦呢?那我們的建議是:別怕麻煩,找個遠離Ⅲ區(qū)(通俗地講就是打開PCR擴增產(chǎn)物的蓋子區(qū)域,比如電泳區(qū))的實驗室當做PCR I區(qū)使用,能省掉后續(xù)更多的麻煩。
既然PCR三區(qū)隔離的目的是為了阻斷氣溶膠的交流,請注意以下細節(jié),思考一下氣溶膠來自哪里:1. 每個區(qū)域都應配備專用的移液器,不可交叉混用。我們的一位用戶拿電2. 每個區(qū)域都應配備專用的移液器吸頭,不可交叉混用。 3. 如果條件允許,在PCRⅢ區(qū)工作結束后再次進入PCR I區(qū)需要更換實驗4. 在PCR I區(qū)、PCRⅡ區(qū)配備帶濾芯吸頭。
很多做PCR的小伙伴會將做PCR的吸頭滅菌、或者是在超凈實驗臺做PCR操作。但在實驗臺看來這完全沒有必要,因為做好PCR最重要的是防止擴增產(chǎn)物的污染,而不是無菌操作!試想一下,高壓滅菌了又如何,DNA并不會因此而降解多少,如果細菌的DNA會參與PCR擴增,那么無論活菌或是細菌尸體都一樣能擴增出DNA條帶。